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#!/usr/bin/env python
from feast import *
import numpy as np
import import_data
def check_result(selected_features, n_relevant):
selected_features = sorted(selected_features)
success = True
for k in range(n_relevant):
if k != selected_features[k]:
success = False
return success
n_relevant = 5
data_source = 'uniform' # set the data set we want to test
if data_source == 'uniform':
data, labels = import_data.uniform_data(n_relevant = n_relevant)
elif data_source == 'digits':
data, labels = import_data.read_digits('digit.txt')
n_observations = len(data) # number of samples in the data set
n_features = len(data.transpose()) # number of features in the data set
n_select = 15 # how many features to select
method = 'JMI' # feature selection algorithm
print '---> Information'
print ' :n_observations - ' + str(n_observations)
print ' :n_features - ' + str(n_features)
print ' :n_select - ' + str(n_select)
print ' :algorithm - ' + str(method)
print ' '
print '---> Running unit tests on FEAST 4 Python... '
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print ' Running BetaGamma... '
sf = BetaGamma(data, labels, n_select, beta=0.5, gamma=0.5)
if check_result(sf, n_relevant) == True:
print ' BetaGamma passed!'
else:
print ' BetaGamma failed!'
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print ' Running CMIM... '
sf = CMIM(data, labels, n_select)
if check_result(sf, n_relevant) == True:
print ' CMIM passed!'
else:
print ' CMIM failed!'
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print ' Running CondMI... '
sf = CondMI(data, labels, n_select)
if check_result(sf, n_relevant) == True:
print ' CondMI passed!'
else:
print ' CondMI failed!'
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print ' Running DISR... '
sf = DISR(data, labels, n_select)
if check_result(sf, n_relevant) == True:
print ' DISR passed!'
else:
print ' DISR failed!'
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print ' Running ICAP... '
sf = ICAP(data, labels, n_select)
if check_result(sf, n_relevant) == True:
print ' ICAP passed!'
else:
print ' ICAP failed!'
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#################################################################
print ' Running JMI... '
sf = JMI(data, labels, n_select)
if check_result(sf, n_relevant) == True:
print ' JMI passed!'
else:
print ' JMI failed!'
#################################################################
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print ' Running mRMR... '
sf = mRMR(data, labels, n_select)
if check_result(sf, n_relevant) == True:
print ' mRMR passed!'
else:
print ' mRMR failed!'
print '---> Done unit tests!'
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